纽约市立大学公共卫生学院人口健康实施科学研究所(ISPH)的研究人员及其同事发表了一项新研究，提出了BugSigDB，这是一个社区可编辑的数据库，人工整理了已发表研究中的微生物特征。
题为“BugSigDB捕获宿主相关微生物特征的差异丰度模式”的论文可在《自然生物技术》中找到，公共wiki可在https://bugsigdb.org上找到。
该数据库记录了基本方法和结果，以便对独立研究确定的微生物特征的相似性、单个微生物的共存和共排除以及在类似健康结果和暴露的多项研究中保守的共识特征进行高通量分析。它可以评估实验条件、环境或身体部位内和跨实验条件、环境或身体部位的微生物组差异丰度。
第一作者路德维希·盖斯特林格(Ludwig Geistlinger)作为纽约市立大学公共卫生学院的博士后开始了这个项目。他现在是哈佛医学院计算生物医学中心的计算生物学副主任。
Geistlinger博士说:“BugSigDB是第一个全面收集已发表的微生物特征，可用于比较独立研究中与宿主相关的差异微生物丰度。”“它帮助我们发现了健康结果内部和健康结果之间微生物丰度差异的可重复模式，我们无法通过阅读已发表的文献而不加以标准化。”
“有机会与BugSigDB实习生一起工作并指导他们，其中许多人都是纽约市立大学公共卫生学院的学生，这真是太棒了，”该研究的第二作者、纽约市立大学公共卫生学院最近的博士毕业生Chloe Mirzayi说。“自从项目开始以来，我看到这些聪明而积极的学生为BugSigDB做出了贡献，并成长为研究人员，因为他们已经培养了批判性阅读文献，解释研究结果和执行二次数据分析的技能。”
“这是我承担过的最重要的项目，”该研究的资深作者利维·沃尔德伦教授说。“这是近60名学生策展人四年工作的成果，他们从750项研究中输入了近3000个微生物特征，并得到了多名软件开发人员、纽约市立大学学生和合作者的支持，他们帮助管理策展人团队开发了从这种新型数据库中学习的新方法。”
“BugSigDB是由与维基百科相同的技术驱动的，所以我的下一个目标是招募更多的编辑，确保它成为一个由整个微生物组研究社区维护的活数据库。”
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评论列表（4条）
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希望本篇文章《研究人员发布了微生物特征的综合数据库》能对你有所帮助！
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